L’école primaire publique de Marcilly-le-Hayer accueille tous les ans environ 170 élèves de la petite section au cm2, répartis dans 7classes.

L’école scolarise les enfants de 10 communes dont Marcilly-le-Hayer. Il s’agit d’Avon-la-Pèze, Bercenay-le-Hayer, Bourdenay, Charmoy, Fay-les-Marcilly, Pouy-sur-Vannes, Rigny-le-Nonneuse, Trancault et Villadin.